El  porcentaje del haplogrupo norteafricano
E1b1b1b (antes conocido como E3b2)  en la
península ibérica esta en torno al cinco por ciento, unas 10/11 veces más bajo
que en el norte de África. En base a esto se ha estimado que el porcentaje de
linajes masculinos en la península debe ser como mucho de un diez por ciento.
Estos linajes son más abundantes en el oeste peninsular que en el este, donde la
población morisca vivía segregada de los cristianos, siendo expulsada en su
mayor parte entre 1609 y 1614. Sin embargo, no se aprecia una diferencia
importante en dirección norte /sur, sin que se hallen diferencias remarcables
entre la población andaluza y la del resto de España.

En cuanto al ADN mitocondrial, el que se transmite exclusivamente por vía
materna, destacar que las frecuencias exclusivamente africanas son tres> M1,
L y U6. Sus porcentajes no son grandes y en el caso de L varían enormemente de
unas poblaciones norteafricanas a otras (3 - 40 %), por lo que en este caso
resulta difícil hacer una estimación.

Sin embargo, existe una frecuencia del haplogrupo h2a2a, denominada Revised
Cambridge Reference Secuence (rCRS). Esta secuencia se usa como punto de
partida para determinar todas las demás. Si un haplotipo no encaja dentro de
dicha frecuencia, por convención se lo considera una mutación (no rCRS). Casi
todos los rCRS pertenecen a los haplogrupos H, HV y R, que son típicamente
europeos.

Dicho esto, señalar que casi la mitad de los habitantes de Europa
occidental son rCRS, mientras que  en el
norte de África apenas llegan al 15 por cien, en España están en torno al 40
por ciento, disminuyendo claramente en el sur como se puede comprobar en la
siguiente tabla. Andalucía ha sido presentada según la antigua división en
reinos, anterior a la creación de las provincias en el siglo XIX. El número de rCRS
también se compara con el haplogrupo bereber U6.

Abajo se presentan dos mapas en colores, en el primero, el color rojo puro indica
 rCRS = 50%, el verde claro rCRS = 0 %,
en el segundo, el color rojo quiere decir U6 = 0% y verde claro U6 = 10 %

Figura 1. Porcentaje de rCRS (H, HV y R)

      Figura 2. Porcentaje de U6

Como puede verse, existe una correlación clara entre rCRS y U6, de manera
que cuanto más rCRS menos U6, lo cual era de esperar. La excepción flagrante es
el antiguo reino de Granada, lo que puede achacarse solo en parte a la varianza
estadística.

En el caso de la baja Andalucía, esto es, Hueva Sevilla y Cádiz, parece existir
una mayor proximidad genética al norte de África que a la mayor parte de
España, la existencia de esta fuerte discrepancia después de siete siglos de
mescolanza y a falta de estudios serios que lo confirmen, parece indicar de
forma clara que la repoblación cristiana que siguió a la reconquista se trata
de un mito histórico más que de una realidad, al menos en lo que se refiere a
la población femenina, cuya composición no debió variar sustancialmente tras la
conquista cristiana, al igual que luego sucedió en las islas Canarias o en América,
que experimentaron el mismo tipo de colonización asimétrica unos siglos después.

Fuente: Meta-Analysis
of Mitochondrial DNA Variation in the Iberian Peninsula, Published: July 21, 2016, https://doi.org/10.1371/journal.pone.0159735